1、贷款利率不同：商业贷款5年以上基准利率是4.9%；住房公积金贷款5年以上房贷利率是3.25%。

　　2、审批速度不同：在审批速度上，由于流程的不同，商业贷款比公积金贷款要快。商业贷款在借款人签订购房合同后，直接到相关银行经办机构或与银行签订合作协议的开发商处提供有关材料即可办理。

　　3、用途不同：商业贷款可以用来买住宅、商住；公积金贷款不能用于购买商住，只能用于买住宅、装修等。

　　4、贷款额度不同：一般来讲，普通购房者在办理商贷时，除自身收入情况会影响到贷款额度外，商业银行的住房贷款额度上限足够用，而公积金受缴纳人群及地区特点，对个人及家庭贷款额度是有所限制的。

　　5、贷款来源不同：商业贷款主要是商业银行放贷，目的是为了盈利，利息归属相关的银行投资人；而住房公积金贷款的主要资金来源是缴费者缴纳的住房公积金，贷款产生的利息有规定的用途，一般只能用于保障性住房建设。